Im Jahre 1900 gab es einen Bahnhof Schönefeld Dorf und von 1935 bis ca. 1947 den Werksbahnhof der Henschel-Flugzeugwerke. Beide Bahnhöfe wurden abgerissen. Nach Teilfertigstellung des Berliner Außenrings 1951 wurde der Bahnhof am 10. Juli 1951 eröffnet. Mit dem Neubau des Außenrings sollte das Umfahren Westberlins ermöglicht werden. Der Bahnhof war für die Öffentlichkeit nicht zugelassen und wurde 1952 Kontrollbahnhof. Im Bahnhof mussten die Züge wegen der umfangreichen Passkontrollen warten. Das Empfangsgebäude war nur ein Provisorium. Für die S-Bahn wurde ein eigener Bahnsteig gebaut. Am 26. Februar 1962 wurde der S-Bahn Betrieb aufgenommen. Jetzt war es für jeden möglich, den Bahnhof zu betreten. 1962 wurde der Bahnhof in Zentralflughafen Berlin-Schönefeld umbenannt. Erst 1976 hieß der Bahnhof dann Berlin-Schönefeld Flughafen. Der Bahnhof verfügt über fünf Bahnsteige und mehrere Gleise für den Güterzugverkehr. 1980 wurde mit dem Bau eines neuen Empfangsgebäudes begonnen, dass am 29. Juni 1984 eröffnet wurde.